AJI Yogyakarta berdiri setelah melalui berbagai pertemuan yang diikuti para aktivis seperti wartawan, aktivis LSM, mahasiswa, akademisi, dan kolomnis. Mereka juga merupakan penggerak Forum Diskusi Wartawan Yogyakarta (FDWY). Akhirnya pada 15 Juni 1998 disepakati berdiri AJI Yogyakarta dalam sebuah pertemuan di Wisma Realino, Mrican. Dana pertemuan diperoleh secara patungan.Pertemuan itu juga menyepakati personal pengurus AJI Yogya periode 1998-2000, di antaranya Ketua Raihul Fadjri, Sekretaris Hairus Salim, dan Bendahara Emmy Kuswandari. Setelah kepengurusan dilengkapi dengan divisi-divisi, kemudian dilakukan deklarasi berdirinya AJI Yogya pada 22 Juni 1998 di Press Corner Hotel Radisson.
Pada perjalanannya saat ini AJI mengukuhkan tiga platform sebagai pondasi organisasi. Pertama, pers bebas dengan prinsip dasar perjuangan yang tercermin dalam Deklarasi Sirnagalih. Kedua, profesionalisme. AJI memiliki komitmen untuk meningkatkan kapasitas dan profesionalisme jurnalis. Ketiga, kesejahteraan. Adalah sebuah kenyataan yang menyedihkan terkait dengan kesejahteraan jurnalis, bahwa sebagian besar jurnalis belum mendapatkan upah layak.
Pendiri AJI Yogyakarta
1. Nuruddin Amin
2. Angger Jati Wijaya
3. Mochammad Faried Cahyono
4. Raihul Fadjri
5. Hairus Salim
6. Marcellino X Magno
7. Wisnuhardana
8. Lucia Nucke Idayani
9. Tjahjono Edi Pratomo
10. Muhamad Achadi
11. Bayu Wardhana
12. Masduki
Aliansi Jurnalis Independen 